Danişmend, Selçuklu ve Erken Osmanlı Dönemi
İskilip Halk Kütüphanesinde 1149 sayılı Tac-üt Tevarih isimli el yazmasının 152. sayfasında Selçukluların Anadolu’daki yönetimlerinin son bulmasıyla İskilip Osmanlı idaresine geçmiş Ankara, Yozgat, Çankırı ve Kastamonu bölgeleri için Çorum ve İskilip’te Anadolu’ya ilk gelen Türkmenler’ce yurt ve mekân edinilmiştir. 1390 yılı sonlarında Yıldırım Bayezid Han tarafından Anadolu’da Kadı Burhanettin Beyliği’nin bir tehlike haline gelmesi, bir Anadolu harekatına girişilmesine sebep olmuş, 1391’de alınan Kastamonu ile birlikte Candaroğulları Beyliği’nin bölgedeki hakimiyetine son verilmiştir. Osmancık ve Amasya’nın Osmanlı himayesine katılmasından sonra Kırkdilim’de yapılan bir çatışmada Şehzade Ertuğrul öldürülmüştür. Savaş sonrasında Kadı Burhaneddin’in Moğollar’a Ankara, Kalecik, Sivrihisar ve İskilip’i yağma ettirmesinden sonra toparlanan Osmanlı kuvvetleri bu isyankar beyliğin hükümranlığına son vermiş; Kastamonu, Osmancık, Çorum, Amasya ve İskilip’te tamamen Osmanlı’ya bağlanmışlardır. Bu dönemin İskilip ve Anadolu tarihi açısından önemi oldukça fazladır. Kent tarihi açısından en büyük zorunlu dış göçler bu dönemde olmuştur. Kadı Burhaneddin’in baskınlarından yılan İskiliplilerin çoğunluğu dağlara ve daha sonra geriye dönemeyerek batıya, doğuya ve güneye doğru daha güvenli yerleşim alanlarına kadar göç etmişlerdir. Yapılan araştırmalarda günümüzde Ankara, Kayseri, Kastamonu, Kütahya, Balıkesir, Afyon, Aydın,Isparta taraflarına kadar gidilip yerleşilmiştir.
1395’ten sonra bir süre huzurun tesis edildiği İskilip ve havalisi, Yıldırım Bayezid Han ile Timur’un yaptığı 1402 Ankara Savaşı’nda Osmanlılar’ın yenilmesinden sonra Anadolu’da bozulan siyasi düzenden etkilenmiş ve bazı Tatar beylerinin Timur orduları tarafına geçmesinden sonra Yıldırım Bayezid Han’ın oğullarından Mehmet Çelebi’nin “eski düzeni” kurma çabaları küçüklü büyüklü birçok muharebenin de bu bölgede cereyan etmesine sebep teşkil etmiştir. Nihayet kesinleşen Osmanlı zaferlerinden sonra yapılan bazı yasal düzenlemelerle Timur ordularına destek verdikleri gerekçesiyle bazı Tatar beyleri ve aşiret mensuplarının Rumeli’ye nakledilmek suretiyle mecburi tehcire tabi tutuldukları rivayet edilmekte; Filibe’nin batısında bulunan Koniş bölgesindeki Tatarlarla mübadele edildiği sanılmaktadır.