Danişmend, Selçuklu ve Erken Osmanlı Dönemi
Sultan Alparslan’ın 1071’deki Malazgirt zaferinden sonra Anadolu’ya adım adım yerleşenlerce; Çorum, Tokat ve Osmancık Emir Danişmend Ahmet Gazi tarafından 1074’te fethedilmiş ve Müslüman Türk hakimiyetine girmiştir. Zamanla diğer Türk boyları da bu bölgeye yerleşerek ve bölgede yaşayan halklarla karışarak bugünkü İskiliplilerin ataları olmuşlardır. Öte yandan bazı eserlerde İskilip’in Kıpçak – Tatar beyleri idaresinde Osmanlı dönemine kadar bulunduğunu kaydetmekle birlikte 13. yüzyılın başlarında zayıflayan Anadolu Selçukluları’nın idaresinden çıkarak Moğolların hakimiyetine geçmiş ve rivayete göre bir kısım Tatar aşiretleri İskilip’e yerleşmişlerdir. Neticede İskilip her dönemde Türk milletine mensup çeşitli boyların yaşamış olduğu bir beldedir. Bölgelerde kalan gayrimüslim yerli halkın bir kısmı bu suretle yerlerini bırakarak Batı Anadolu’ya çekilmiş, geriye kalanlar da kayda değer bir siyasi ve kültürel varlık gösterememişlerdir. Bu sebeplerle İskilip’te Anadolu Selçukluları döneminden kalma eserlere rastlanamamakta, buna neden olarak bir diğer sebep ise ilgili dönemde henüz yerleşik şehirleşmeye geçilememiş olması düşünülmektedir.[kaynak belirtilmeli]
İskilip Halk Kütüphanesinde 1149 sayılı Tac-üt Tevarih isimli el yazmasının 152. sayfasında Selçukluların Anadolu’daki yönetimlerinin son bulmasıyla İskilip Osmanlı idaresine geçmiş Ankara, Yozgat, Çankırı ve Kastamonu bölgeleri için Çorum ve İskilip’te Anadolu’ya ilk gelen Türkmenler’ce yurt ve mekân edinilmiştir. 1390 yılı sonlarında Yıldırım Bayezid Han tarafından Anadolu’da Kadı Burhanettin Beyliği’nin bir tehlike haline gelmesi, bir Anadolu harekatına girişilmesine sebep olmuş, 1391’de alınan Kastamonu ile birlikte Candaroğulları Beyliği’nin bölgedeki hakimiyetine son verilmiştir. Osmancık ve Amasya’nın Osmanlı himayesine katılmasından sonra Kırkdilim’de yapılan bir çatışmada Şehzade Ertuğrul öldürülmüştür. Savaş sonrasında Kadı Burhaneddin’in Moğollar’a Ankara, Kalecik, Sivrihisar ve İskilip’i yağma ettirmesinden sonra toparlanan Osmanlı kuvvetleri bu isyankar beyliğin hükümranlığına son vermiş; Kastamonu, Osmancık, Çorum, Amasya ve İskilip’te tamamen Osmanlı’ya bağlanmışlardır. Bu dönemin İskilip ve Anadolu tarihi açısından önemi oldukça fazladır. Kent tarihi açısından en büyük zorunlu dış göçler bu dönemde olmuştur. Kadı Burhaneddin’in baskınlarından yılan İskiliplilerin çoğunluğu dağlara ve daha sonra geriye dönemeyerek batıya, doğuya ve güneye doğru daha güvenli yerleşim alanlarına kadar göç etmişlerdir. Yapılan araştırmalarda günümüzde Ankara, Kayseri, Kastamonu, Kütahya, Balıkesir, Afyon, Aydın,Isparta taraflarına kadar gidilip yerleşilmiştir.
1395’ten sonra bir süre huzurun tesis edildiği İskilip ve havalisi, Yıldırım Bayezid Han ile Timur’un yaptığı 1402 Ankara Savaşı’nda Osmanlılar’ın yenilmesinden sonra Anadolu’da bozulan siyasi düzenden etkilenmiş ve bazı Tatar beylerinin Timur orduları tarafına geçmesinden sonra Yıldırım Bayezid Han’ın oğullarından Mehmet Çelebi’nin “eski düzeni” kurma çabaları küçüklü büyüklü birçok muharebenin de bu bölgede cereyan etmesine sebep teşkil etmiştir. Nihayet kesinleşen Osmanlı zaferlerinden sonra yapılan bazı yasal düzenlemelerle Timur ordularına destek verdikleri gerekçesiyle bazı Tatar beyleri ve aşiret mensuplarının Rumeli’ye nakledilmek suretiyle mecburi tehcire tabi tutuldukları rivayet edilmekte; Filibe’nin batısında bulunan Koniş bölgesindeki Tatarlarla mübadele edildiği sanılmaktadır.