Osmanlı Dönemi
“Küçük Kıyamet” adı verilen 1509 tarihinde meydana gelen depremle yıkılmış ve yeniden inşa edilmiştir. Osmanlı İmparatorluğu döneminde idari olarak önceleri Kastamonu ilinin merkez livasına, 1890’da Amasya Sancağı’na, daha sonra Yozgat Sancağı’na, Ankara Sancağı’na ve şu an bağlı bulunduğu Çorum Sancağı’na bağlanmıştır.
1849 yılında İskilip’e gelen ünlü seyyah Fransız V. Cuniet’in Paris’te 1894 yılında basılan La Turquie d’Asie isimli kitabında İskilip’ten şöyle bahseder:
“Şehrin genel nüfusu 43.442 kişidir. Kent içinde 48 Ortodoks ve 10.563 Müslüman yaşamaktadır. Şehirde 108 cami, 6 tekke, 6 medrese, 1 konk belediye sarayı, 5 kütüphane, 1 pazar, 510 dükkân, 2 han, 4 hamam, 18 çeşme, 3 fıskiye, 18 tabakhane, 63 un değirmeni, 6 fırın, 10 kahve, yaklaşık 2000 konut, 1 mahkeme, 1 vergi dairesi, iç hizmetler telgraf istasyonu, posta şubesi ve sayım bürosu bulunmaktadır.”
Çağımız kimya sanayisi bağlamında yapay boya üretimi gelişmeden önceki dönemlerde İskilip’i Cehri üreticisi olarak görmekteyiz. Öyle ki kentte 20. yüzyılın başına kadar olan dönemde Cehriliği olmayana kız verilmediği vakıadır. Yapılan Osmanlı dönem tapu incelemelerinde de bu görülmüştür. Hemen her ailenin kendine ait bir cehriliği vardır. Diğer kökboya üretim malzemeleri açısından da oldukça zengin bir bitki örtüsü vardır.
İskilip, Osmanlı’nın son elli yılında olan taht kavgaları nedeniyle sürekli sancak olarak değişik yerlere bağlanmıştır. Kastamonu Sancağına bağlı iken 1890 yılında Amasya sancağına bağlanan İskilip kısa bir süre sonra Yozgat ve Ankara sancağına daha sonra da Osmancık ve Sungurlu ile birlikte Çorumlu Yedi Sekiz Hasan Paşa’nın takdire şayan gayretleri sayesinde 1894’te Anadolu’nun parlayan yıldızı, Çorum’a bağlanmıştır.
Cumhuriyet döneminde ise Çorum iline bağlı bir ilçe olarak günümüze kadar gelmiştir.